Struktur organisasi PAFI terdiri dari beberapa tingkatan yang mendukung pada efektivitas dan koordinasi dalam menjalankan tugas dan tanggung jawab.

  • Tingkat Pusat: terdapat penguru pusat yang dipimpin oleh Ketua Umum, didampingi Wakil Ketua Umum, Sekretaris, dan Bendahara. Pengurus di tingkat Pusan ini mencakup berbagai bidang, seperti pendidikan, advokasi, dan pelayanan masyarakat yang bertanggung jawab dalam merumuskan kebijakan dan program-program strategis.
  • Tingkat Regional: terdapat Pengurus Wilayah mewakili setiap provinsi di Indonesia. Terdiri dari Ketua Wilayah, Wakit Ketua, Sekretaris, dan Bendahara, serta anggota. Pengurus Wilayah memiliki tugas untuk mengimplementasikan kebijakan dari Pengurus Pusat, serta mengkoordinasikan program dan kegiatan yang sesuai dengan kebutuhan dan tantangan di daerah masing-masing.
  • Tingkat Lokal: Pengurus Cabang memiliki fungsi untuk menjangkau anggota di tingkat komunitas, yang dipimpin oleh Ketua Cabang, Sekretaris, dan Bendahara. Pengurus tingkat lokal memastikan bahwa semua anggota memiliki suara dan peran aktif dalam organisasi, serta memfasilitasi kolaborasi antar apoteker dan pemangku kepentingan lainya untuk meningkatkan pelayanan kesehatan masyarakat.