Organisasi PAFI menjunjung tinggi pada nilai-nilai profesionalisme, integritas, dan etika dalam setiap kegiatan dan praktik anggotanya. Organisasi ini percaya bahwa kolaborasi dan komunnikasi yang baik antar apoteker, pasien dan tenaga lainnya sangatlah penting untuk mencapai tujuan kesehatan yang lebih baik. Dengan menekankan nilai-nilai tersebut, PAFI berupaya menciptaan komunitas farmasi yang solud dan responsif terhadap tantangan kesehatan yang dihadapi masyarakat.