Selain itu, Majelis Komisi juga merekomendasikan kepada Komisi untuk memberikan saran dan pertimbangan kepada Pejabat Pembina Kepegawaian/Pejabat di instansi Kementerian Perhubungan yang berwenang dimana personil Terlapor V dan Terlapor VI berasal untuk memberikan sanksi hukuman disiplin, karena telah sengaja tidak menjalankan tugas dan kewajibannya sesuai peraturan yang berlaku sebagai Pokja Pemilihan atau penyelenggara tender kepada Terlapor V dan sebagai Pejabat Pembuat Komitmen kepada Terlapor VI.

Dalam proses penyusunan Putusan, salah satu Anggota Majelis Komisi, yakni Dr. Guntur Syahputra Saragih, M.S.M, memiliki pendapat yang berbeda (dissenting opinion) terkait dengan dengan pembuktian unsur bersekongkol pada poin kerja sama antara dua
pihak atau lebih dan poin tindakan penyesuaian dokumen dengan peserta lainnya.**