Tim ad hoc Papua Komnas HAM telah melakukan penyelidikan Pro Justisia terhadap dua kasus tersebut pada 17 Desember 2003 hingga 31 Juli 2004. Namun Kejagung sempat ditolak hasil laporan Komnas HAM dengan alasan laporan tersebut tidak lengkap.

8. Peristiwa Rumoh Geudong Aceh 1998

Peristiwa Rumoh Geudong Aceh terjadi saat kota serambi mekkah tersebut dalam status Daerah Operasi Militer (DOM) pada 1989-1998. Pada saat itu pemerintah melalui panglima ABRI memutuskan untuk melakukan operasi jaring merah (Jamer). Dalam operasi tersebut, Korem 011/Lilawangsa menjadi pusat komando lapangan.

Hasil penyelidikan Komnas HAM menunjukan bahwa dalam peristiwa tersebut terdapat pelanggaran HAM. Beberapa bentuk pelanggaran HAM di antaranya kekerasan seksual, penyiksaan, pembunuhan, dan pengilangan secara paksa.

Berkas hasil penyelidikan itu sudah dikirim ke Kejagung pada 28 Agustus 2018. Namun, sampai saat ini tindak lanjut dari Kejagung belum juga tuntas.

9. Peristiwa Pembunuhan Dukun Santet 1998-1999

Pembunuhan Dukun Santet adalah peristiwa terhadap sejumlah yang diduga melakukan praktik ilmu hitam. Peristiwa itu terjadi di Banyuwangi, Jawa Timur. Komnas HAM telah selesai melakukan penyelidikan terhadap kasus tersebut. Hasil penyidikan itu juga sudah dikirim ke Kejagung dan Presiden pada 2019.

10. Peristiwa Jambo Keupok Aceh 2003

Desa Jambo Keupok, Kecamatan Bakongan, Aceh diduga menjadi basis Gerakan Aceh Merdeka (GAM). Pada 17 Mei 2003, aparat keamanan lantas melakukan penyisiran dan penyerangan terhadap kampung-kampung dalam Kecamatan Bokongan.

Sejumlah anggota TNI Para Komando (PARAKO) bersama dengan Satuan Gabungan Intelijen (SGI) melakukan tindak kekerasan terhadap warga sipil seperti, penyiksaan, penangkapan, penghilangan orang secara paksa dan perampasan harta benda. Akibat peristiwa itu, Kontras mencatat 16 orang penduduk sipil meninggal setelah disiksa, ditembak, bahkan dibakar hidup-hidup, serta 5 orang lainnya turut mengalami kekerasan oleh aparat.